目的研究胆肠Roux-en-Y吻合术治疗先天性胆总管囊肿的临床疗效及安全性。方法选取先天性胆总管囊肿患者40例为研究对象，随机分为试验组与对照组，每组20例。试验组给予胆肠Roux-en-Y吻合术治疗，对照组给予回盲部间置肝管十二指肠吻合术治疗。结果试验组治愈12例，恢复6例，未治愈2例，总有效率为90.0%；对照组治愈10例，恢复4例，未治愈6例，总有效率为70.0%，两组临床疗效比较，差异有统计学意义（P＜0.05）。两组手术时间、出血量、拔管时间、并发症比较，差异有统计学意义（P＜0.05）。结论胆肠Roux-en-Y吻合术治疗先天性胆总管囊肿效果显著，并发症少。